El Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) es un organismo de referencia nacional e internacional en investigación biomédica y salud pública que lleva a cabo las siguientes funciones:
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Fomento de la investigación dirigida a proteger y mejorar la salud, financiando la investigación de excelencia y altamente competitiva a través de la Acción Estratégica en Salud del Plan Estatal de I+D+I.
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Vertebración de la investigación en el ámbito del Sistema Nacional de Salud (SNS), a través de sus centros de referencia nacional, institutos de investigación, fundaciones, redes, consorcios y plataformas de servicios científico-técnicos.
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Gestiona, desarrolla y ofrece al conjunto del Estado servicios científico-técnicos de referencia para la prevención y el control de enfermedades transmisibles y no transmisibles, salud ambiental, productos biológicos y aquellos potencialmente peligrosos para la salud pública.
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Ofrece servicios de asesoramiento científico-técnico para fundamentar la toma de decisiones en tecnologías sanitarias y servicios de salud en el SNS.
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Desarrolla programas docentes dirigidos al conjunto del SNS, y proporcionar servicios de información sanitaria y documentación científica.
Está adscrito al Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades a través de la Secretaría General de Investigación. Depende funcionalmente del Ministerio de Sanidad para la realización de aquellas actividades que desarrolle en materia de salud, de planificación y asistencia sanitaria y, en coordinación con el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, de aquellas otras de investigación aplicada cuando tengan traslación al SNS. Para la realización del resto de actividades dependerá funcionalmente del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades.