Carlos III.a Osasun Institutua (ISCIII) erreferentzia nazionaleko eta nazioarteko erakundea da ikerketa biomedikoan eta osasun publikoan, eta eginkizun hauek betetzen ditu:
- Osasuna babestu eta hobetzera bideratutako ikerketa sustatzea, bikaintasuneko eta lehiakortasun handiko ikerketa finantzatuz, I+G+Bko Estatuko Planaren Osasuneko Ekintza Estrategikoaren bidez.
- Ikerketa egituratzea Osasun Sistema Nazionalaren (OSN) esparruan, erreferentzia nazionaleko zentroen, ikerketa-institutuen, fundazioen, sareen, partzuergoen eta zerbitzu zientifiko-teknikoko plataformen bidez.
- Estatu osoari erreferentziazko zerbitzu zientifiko-teknikoak kudeatzen, garatzen eta eskaintzen dizkio, gaixotasun kutsakor eta ez-kutsakorrak, ingurumen-osasuna, produktu biologikoak eta osasun publikorako arriskutsuak izan daitezkeenak prebenitzeko eta kontrolatzeko.
- Aholkularitza zientifiko-teknikoko zerbitzuak eskaintzen ditu, OSNn osasun-teknologietan eta osasun-zerbitzuetan erabakiak hartzea oinarritzeko.
- OSN osoari zuzendutako irakaskuntza-programak garatzen ditu, eta osasun-informazioko eta dokumentazio zientifikoko zerbitzuak ematen ditu.
Gaur egun, Zientzia, Berrikuntza eta Unibertsitate Ministerioari atxikita dago, Ikerketako Idazkaritza Nagusiaren bidez. Funtzionalki, Osasun Ministerioaren mende dago osasunaren, osasun-plangintzaren eta -laguntzaren arloan garatzen dituen jarduerak egiteko, eta, Zientzia, Berrikuntza eta Unibertsitate Ministerioarekin koordinatuta, OSNra aldatzen direnean egiten dituen ikerketa aplikatuko jarduerak egiteko. Gainerako jarduerak egiteko, Zientzia, Berrikuntza eta Unibertsitate Ministerioaren mende egongo da funtzionalki.