Entre las funciones que la Subdirección de Gestión del FEDER encomienda a la Subsecretaría de Ciencia e Innovación como Organismo Intermedio para el Programa Operativo Plurirregional de España FEDER 2014-2020 se encuentra la aplicación de medidas antifraude eficaces y proporcionadas.
En la seua Declaració Institucional en Matèria d'Antifrau la Sotssecretaria de Ciència i Innovació manifesta el seu compromís amb la lluita contra el frau i la promoció d'una cultura d'organització que previnga qualsevol activitat fraudulenta.
El Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats compta amb una Bústia de denúncies de possibles casos de frau, corrupció i conflicte d'interessos, relacionats amb les actuacions finançades amb Fons Europeus (antifraude.mcin@ciencia.gob.es). S'informa que qualsevol denúncia que es realitze a través d'este mitjà, serà tractada amb confidencialitat, respectant l'anonimat del denunciant, sense que en cap cas es puguen prendre represàlies ni publicar esta informació en llocs web.
El Servei Nacional de Coordinació Antifrau (SNCA) és l'òrgan depenent de la Intervenció General de l'Estat (IGAE), dins del Ministeri d'Hisenda, encarregat de coordinar les accions encaminades a protegir els interessos financers de la Unió Europea contra el frau en col·laboració amb l'OLAF. SNCA posa a la disposició dels ciutadans el canal per a comunicar informació sobre fraus o irregularitats que afecten de Fons Europeus. IGAE:Comunicació d'informació sobre fraus o irregularitats que afecten de fons europeus (hacienda.gob.es)