Entre as funcións que a Subdirección de Xestión do FEDER encomenda á Subsecretaría de Ciencia e Innovación como Organismo Intermedio para o Programa Operativo Plurirregional de España FEDER 2014-2020 atópase a aplicación de medidas antifraude eficaces e proporcionadas.
Na súa Declaración Institucional en Materia de Antifraude a Subsecretaría de Ciencia e Innovación manifesta o seu compromiso coa loita contra a fraude e a promoción dunha cultura de organización que preveña calquera actividade fraudulenta.
O Ministerio de Ciencia e Innovación conta cunha Caixa de correos de denuncias de posibles casos de fraude, corrupción e conflito de intereses, relacionados coas actuacións financiadas con Fondos Europeos (antifraude.mcin@ciencia.gob.es). Infórmase que calquera denuncia que se realice a través deste medio, será tratada con confidencialidade, respectando o anonimato do denunciante, sen que en ningún caso póidanse tomar represalias nin publicar esta información en sitios web..
O Servizo Nacional de Coordinación Antifraude (SNCA) é o órgano dependente da Intervención Xeral do Estado (IGAE), dentro do Ministerio de Facenda, encargado de coordinar as accións encamiñadas a protexer os intereses financeiros da Unión Europea contra a fraude en colaboración coa OLAF. SNCA pon a disposición dos cidadáns a canle para comunicar información sobre fraudes ou irregularidades que afecten a Fondos Europeos. IGAE:Comunicación de información sobre fraudes ou irregularidades que afecten a fondos europeos (hacienda.gob.es).