En su organización interna como organismo intermedio la Subsecretaría de Ciencia e Innovación (SCI) ejecuta las actuaciones aprobadas en el Programa Operativo Plurirregional de España (POPE) a través de dos Organismos con Senda Financiera (OSF):
- Secretaría General de Innovación-Subdirección General de Fomento de la Innovación (SGINN-SGFI),
 - Dirección General de Planificación de la Investigación (DGPI), perteneciente a la Secretaria General de Investigación (SGINV).
 
Dentro de cada OSF, existen distintos órganos gestores (OG) que se encargan de instruir el procedimiento a través del cual se conceden las ayudas cofinanciadas con los FEDER:
SGINN-SGFI
- Subdirección General de Fomento de la Innovación:
 
DGPI
- Subdirección General de Grandes Instalaciones Científico-Técnicas (SGGICT):
 - Subdirección General de Internacionalización de la Ciencia y la Innovación (SGINCI):
	
	
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