En la seva organització interna com a organisme intermedi la Sotssecretaria de Ciència i Innovació (SCI) executa les actuacions aprovades en el Programa Operatiu Plurirregional d'Espanya (POPE) a través de dos Organismes amb Senda Financera (OSF):
- Secretaria General d'Innovació-Subdirecció General de Foment de la Innovació (SGINN-SGFI),
- Dirección General de Planificación de la Investigación (DGPI), perteneciente a la Secretaria General de Investigación (SGINV).
Dins de cada OSF, existeixen diferents òrgans gestors (OG) que s'encarreguen d'instruir el procediment a través del qual es concedeixen les ajudes cofinançades amb els FEDER:
SGINN-SGFI
- Subdirecció General de Foment de la Innovació:
DGPI
- Subdirecció General de Grans Instal·lacions Cientificotècniques (SGGICT):
- Subdirecció General d'Internacionalització de la Ciència i la Innovació (SGINCI):
- LifeWatch ERIC