Na súa organización interna como organismo intermedio a Subsecretaría de Ciencia e Innovación (SCI) executa as actuacións aprobadas no Programa Operativo Plurirregional de España (POPE) a través de dous Organismos con Senda Financeira (OSF):
- Secretaría Xeral de Innovación-Subdirección Xeral de Fomento da Innovación (SGINN-SGFI),
- Dirección General de Planificación de la Investigación (DGPI), perteneciente a la Secretaria General de Investigación (SGINV).
Dentro de cada OSF, existen distintos órganos xestores (OG) que se encargan de instruír o procedemento a través do cal se conceden as axudas cofinanciadas co FEDER:
SGINN-SGFI
- Subdirección Xeral de Fomento da Innovación:
DGPI
- Subdirección Xeral de Grandes Instalacións Científico-Técnicas (SGGICT):
- Subdirección Xeral de Internacionalización da Ciencia e a Innovación (SGINCI):
- LifeWatch ERIC