El Plan Estatal de Investigación Científica, Técnica y de Innovación (PEICTI) define su sistema interno de gobernanza y crea el Comité de Coordinación, Seguimiento y Evaluación del propio PEICTI (CCSE_PEICTI) en el que están representados los ministerios con actuaciones en I+D+I recogidas en el PEICTI, así como los agentes financiadores dependientes del MICIU. Este Comité cuenta con una geometría variable que le permite realizar sesiones de trabajo sectoriales y/o temáticas con diferentes actores del SECTI, así como celebrar reuniones conjuntas con representación de la cuádruple hélice (administración, organismos de investigación, empresas y sociedad civil).

Se prevé la publicación de un informe anual de seguimiento del PEICTI en el que se incluirán indicadores de contexto, de realización y de resultados. Además, en el propio PEICTI se incorporan los indicadores de seguimiento con información anual. Este informe se incluye también en este apartado con un diseño dinámico que facilita el análisis (Informe de indicadores del PEICTI)

Por otra parte, se establece que el PEICTI tenga una evaluación intermedia y una evaluación final en el segundo semestre de 2029. Se llevará a cabo, tal y como prevé la Ley de la Ciencia, una evaluación externa e independiente, que priorizará criterios de excelencia científica, eficiencia e impacto económico en el territorio español, y que contará con la participación del sector privado y los agentes sociales.