El Pla Estatal d'Investigació Científica, Tècnica i d'Innovació (PEICTI) definix el seu sistema intern de governança i crea el Comité de Coordinació, Seguiment i Avaluació del propi PEICTI (CCSE_PEICTI) en el qual estan representats els ministeris amb actuacions en R+D+I arreplegades en el PEICTI, així com els agents finançadors dependents del MICIU. Este Comité compta amb una geometria variable que li permet realitzar sessions de treball sectorials i/o temàtiques amb diferents actors del SECTI, així com celebrar reunions conjuntes amb representació de la quàdruple hèlice (administració, organismes d'investigació, empreses i societat civil).

Es preveu la publicació d'un informe anual de seguiment del PEICTI en el qual s'inclouran indicadors de context, de realització i de resultats. A més, en el propi PEICTI s'incorporen els indicadors de seguiment amb informació anual. Este informe s'inclou també en este apartat amb un disseny dinàmic que facilita l'anàlisi (Informe d'indicadors del PEICTI)

D'altra banda, s'establix que el PEICTI tinga una avaluació intermèdia i una avaluació final en el segon semestre de 2029. Es durà a terme, tal com preveu la Llei de la Ciència, una avaluació externa i independent, que prioritzarà criteris d'excel·lència científica, eficiència i impacte econòmic en el territori espanyol, i que comptarà amb la participació del sector privat i els agents socials.