O Plan Estatal de Investigación Científica, Técnica e de Innovación (PEICTI) define o seu sistema interno de gobernación e crea o Comité de Coordinación, Seguimento e Avaliación do propio PEICTI (CCSE_PEICTI) no que están representados os ministerios con actuacións en I+D+i recollidas no PEICTI, así como os axentes financiadores dependentes do MICIU. Este Comité conta cunha xeometría variable que lle permite realizar sesións de traballo sectoriais e/ou temáticas con diferentes actores do SECTI, así como celebrar reunións conxuntas con representación da cuádrupla hélice (administración, organismos de investigación, empresas e sociedade civil).

Prevese a publicación dun informe anual de seguimento do PEICTI no que se incluirán indicadores de contexto, de realización e de resultados. Ademais, no propio PEICTI incorpóranse os indicadores de seguimento con información anual. Este informe inclúese tamén neste apartado cun deseño dinámico que facilita a análise (Informe de indicadores do PEICTI)

Por outra banda, establécese que o PEICTI teña unha avaliación intermedia e unha avaliación final no segundo semestre de 2029. levará a cabo, tal e como prevé a Lei da Ciencia, unha avaliación externa e independente, que priorizará criterios de excelencia científica, eficiencia e impacto económico no territorio español, e que contará coa participación do sector privado e os axentes sociais.