Además de las actuaciones focalizadas del PERTE, se contemplan ayudas destinadas a apoyar tecnologías transversales de aplicación en el sector que, por la propia naturaleza del proceso innovador, son de carácter incierto y que dependen de nuevas necesidades u oportunidades no identificadas previamente, derivadas el entorno o de necesidades competitivas.
Las ayudas parcialmente reembolsables del CDTI se caracterizan por su enfoque bottom-up, esto es, sin líneas tecnologías predefinidas y que apoyan cualquier iniciativa innovadora empresarial, son un complemento idóneo para las actuaciones del PERTE.
Estas ayudas se articulan tanto en proyectos individuales de I+D como en proyectos en cooperación, como los CIEN, y en ayudas para la innovación a través de las líneas LIC y LIC-A.