PERTEren jarduera fokalizatuez gain, sektorean aplikatzekoak diren zeharkako teknologiak laguntzeko laguntzak ere aurreikusten dira. Laguntza horiek, prozesu berritzailearen izaera dela eta, zalantzazkoak dira, eta aldez aurretik identifikatu gabeko behar edo aukera berrien mende daude, inguruneak edo premia lehiakorrek eraginda.
Partzialki itzulgarriak diren CDTIren laguntzak bottom-up ikuspegiagatik bereizten dira, hau da, aurrez definitutako teknologiarik gabe eta edozein enpresa-ekimen berritzaile babesten dutela, PERTEren jardueretarako osagarri ezin egokiagoak dira.
Laguntza horiek I+Gko proiektu indibidualetan nahiz lankidetza-proiektuetan (EHUak, adibidez) eta BGL eta BGL-A lerroen bidezko berrikuntzarako laguntzetan egituratzen dira.