PERTEaren jarduera fokalizatuez gain, sektorean aplikatzekoak diren zeharkako teknologiei laguntzeko dirulaguntzak ere aurreikusten dira. Teknologia horiek, prozesu berritzailearen izaera bera dela eta, ziurgabeak dira, eta aldez aurretik identifikatu gabeko behar edo aukera berrien mende daude, inguruneak edo premia lehiakorrek eraginda.
Partzialki itzulgarriak diren CDTIren laguntzak bottom-up ikuspegiagatik bereizten dira, hau da, aldez aurretik definitutako lerro teknologikorik ez dutenak eta enpresa-ekimen berritzaile oro babesten dutenak dira, eta, beraz, PERTEren jardueretarako osagarri egokiak.
Laguntza horiek I+G proiektu indibidualetan, lankidetza-proiektuetan (CIENak, adibidez) eta LIC eta LIC-A lerroen bidezko berrikuntzarako laguntzetan egituratzen dira.