A més de les actuacions focalitzades del PERTE, es contemplen ajudes destinades a recolzar tecnologies transversals d'aplicació en el sector que, per la pròpia naturalesa del procés innovador, són de caràcter incert i que depenen de noves necessitats o oportunitats no identificades prèviament, derivades l'entorn o de necessitats competitives.
Les ajudes parcialment reemborsables del CDTI es caracteritzen pel seu enfocament bottom-up, això és, sense línies tecnologies predefinides i que recolzen qualsevol iniciativa innovadora empresarial, són un complement idoni per a les actuacions del PERTE.
Aquestes ajudes s'articulen tant en projectes individuals de R+D com en projectes en cooperació, com els CENT, i en ajudes per a la innovació a través de les línies LIC i LIC-A.