Ademais das actuacións focalizadas do PERTE, contémplanse axudas destinadas a apoiar tecnoloxías transversais de aplicación no sector que, pola propia natureza do proceso innovador, son de carácter incerto e que dependen de novas necesidades ou oportunidades non identificadas previamente, derivadas a contorna ou de necesidades competitivas.
As axudas parcialmente reembolsables do CDTI caracterízanse polo seu enfoque bottom-up, isto é, sen liñas tecnoloxías predefinidas e que apoian calquera iniciativa innovadora empresarial, son un complemento idóneo para as actuacións do PERTE.
Estas axudas articúlanse tanto en proxectos individuais de I+D como en proxectos en cooperación, como os CEN, e en axudas para a innovación a través das liñas LIC e LIC-A.