El CENIEH es un consorcio público cofinanciado a partes iguales por la Administración General del Estado y la Junta de Castilla y León, con sede en Burgos.
El CENIEH es responsable de la gestión y conservación de las colecciones paleontológicas y arqueológicas procedentes de las excavaciones de Atapuerca y otros yacimientos, nacionales o internacionales, de similares características que lleguen a acuerdos con el Centro.
Sus laboratorios, considerados infraestructuras esenciales y que le confieren su singularidad como ICTS, se agrupan en tres áreas temáticas:
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área de sedimentología y caracterización de materiales,
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área de geocronología,
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área de colecciones, conservación y restauración.