El CENIEH és un consorci públic cofinançat a parts iguals per l'Administració General de l'Estat i la Junta de Castella i Lleó, amb seu a Burgos.
El CENIEH és responsable de la gestió i conservació de les col·leccions paleontològiques i arqueològiques procedents de les excavacions d'Atapuerca i altres jaciments, nacionals o internacionals, de similars característiques que arribin a acords amb el Centre.
Els seus laboratoris, considerats infraestructures essencials i que li confereixen la seva singularitat com ICTS, s'agrupen en tres àrees temàtiques:
- àrea de sedimentologia i caracterització de materials,
- àrea de geocronologia,
- àrea de col·leccions, conservació i restauració.
