El Centro Nacional de Microscopía Avanzada (Principal acción Transversal del Campus de Excelencia Internacional Moncloa), está diseñado, de acuerdo con el estudio realizado por la FECYT sobre Instalaciones Científico-Tecnológicas Singulares (ICTS) para desarrollar, implementar y ofertar a la comunidad científica nacional e internacional los métodos y técnicas más avanzados en microscopia electrónica de transmisión y barrido para el análisis estructural de materiales. Este Centro consta de una serie de microscopios de última generación, y de instrumentos y técnicas para la preparación avanzada de muestras, así como para la aplicación de métodos computacionales de tratamiento de imágenes. Para ser referente científico nacional e internacional, dichos microscopios, disponen de complementos técnicos-científicos que aumentan exponencialmente su potencial.

Este tipo de instrumentos da al Centro una absoluta singularidad, ya que no existe un conjunto de técnicas de microscopía de este tipo en ningún laboratorio Español e Internacional y posibilita, por tanto, un trabajo coordinado y en las mejores condiciones metodológicas para todo el proceso de estudio, desde la preparación de muestras hasta el tratamiento matemático más avanzado para la resolución de estructuras.