O Centro Nacional de Microscopía Avanzada (Principal acción Transversal do Campus de Excelencia Internacional Moncloa), está deseñado, de acordo con o estudo realizado pola FECYT sobre Instalacións Científico-Tecnolóxicas Singulares (ICTS) para desenvolver, implementar e ofertar á comunidade científica nacional e internacional os métodos e técnicas máis avanzados en microscopia electrónica de transmisión e varrido para a análise estrutural de materiais. Este Centro consta dunha serie de microscopios de última xeración, e de instrumentos e técnicas para a preparación avanzada de mostras, así como para a aplicación de métodos computacionales de tratamento de imaxes. Para ser referente científico nacional e internacional, estes microscopios, dispoñen de complementos técnicos-científicos que aumentan exponencialmente o seu potencial.
Este tipo de instrumentos da al Centro una absoluta singularidad, ya que no existe un conjunto de técnicas de microscopía de este tipo en ningún laboratorio Español e Internacional y posibilita, por tanto, un trabajo coordinado y en las mejores condiciones metodológicas para todo el proceso de estudio, desde la preparación de muestras hasta el tratamiento matemático más avanzado para la resolución de estructuras.