1991ko urriaren 4an sinatu zen Madrilen Ingurumena Babesteko Antartikako Itunaren Protokoloa (Madrilgo Protokoloa ere esaten zaio). Protokolo hori Antartikako ingurumenaren eta mendeko eta lotutako ekosistemen babesa areagotzeko beharragatik sortu zen. Protokoloak "bakeari eta zientziari eskainitako erreserba natural" gisa izendatzen du Antartika (2. artikulua). 3. artikuluan, Antartikako giza jarduerei aplikatu beharreko oinarrizko printzipioak ezartzen dira.
Protokoloak 6 eranskin ditu, II. eranskinak debekatu egiten du Antartikako Itunaren arloko flora eta fauna autoktonoa hartzea edo sartze kaltegarria, eta V. eranskinak ezartzen du edozein eremu, itsas eremua barne, Antartikako eremu bereziki babestu gisa (ZAEP) eta Antartikako eremu bereziki administratu gisa (ZAEA) izenda daitekeela. Eremu horietan, jarduerak debekatu, murriztu edo administratuko dira, hartutako kudeaketa-planen arabera.
Protokoloak Ingurumena Babesteko Batzordea (IBB) ezarri zuen aditu-talde gisa, Protokoloa ezartzeari buruzko Antartikako Itunaren Kontsulta Bilerari (AIKB) aholkularitza emateko eta gomendioak egiteko. IBB urtero biltzen da AIKB dela eta.