Los Estados miembros elaboran los Programas Operativos del FEDER plurirregionales, los cuales contribuyen a la aplicación de la estrategia de la Unión para un crecimiento inteligente, sostenible e integrador y al logro de la cohesión económica, social y territorial.
El último Programas Operativo plurirregional en España aprobado en el ámbito de los FEDER es el Programa Operativo Plurirregional de España (POPE) 2014-2020.