Los Planes Complementarios son un nuevo instrumento dirigido a establecer colaboraciones con las CCAA en acciones de I+D+I que tengan objetivos comunes basados en intereses reflejados en la Estrategia de Especialización Inteligente (RIS3) estatal y autonómica. Se trata de crear sinergias, alinear la ejecución de fondos y establecer prioridades comunes.
Con el propósito de construir sinergias territoriales, los Planes Complementarios contemplan la participación de varias CCAA en un programa, con la posibilidad de participar en varios de ellos. Se logra así el aprovechamiento de capacidades e infraestructuras singulares, junto con la posible participación de empresas. Los programas tendrán una duración de 2 o 3 años, con compromisos de cofinanciación y mecanismos de cogobernanza, potenciando la transformación económica territorial.
El día 8 de noviembre de 2021, en la reunión del Consejo de Política Científica, Tecnológica y de Innovación, se acordaron los convenios marco correspondientes a 2021, en las áreas de interés: Biotecnología en salud, Ciencias marinas, Comunicación cuántica y Energía e hidrógeno renovable.
En 2022 se firmaron los convenios correspondientes a las áreas de interés: Agroalimentación, Astrofísica y física de altas energías, Materiales avanzados y Biodiversidad.