Els Plans Complementaris són un nou instrument dirigit a establir col·laboracions amb les CCAA en accions de R+D+I que tinguin objectius comuns basats en interessos reflectits en l'Estratègia d'Especialització Intel·ligent (RIS3) estatal i autonòmica. Es tracta de crear sinergies, alinear l'execució de fons i establir prioritats comunes.
Amb el propòsit de construir sinergies territorials, els Plans Complementaris contemplen la participació de diverses CCAA en un programa, amb la possibilitat de participar en diversos d'ells. S'aconsegueix així l'aprofitament de capacitats i infraestructures singulars, juntament amb la possible participació d'empreses. Els programes tindran una durada de 2 o 3 anys, amb compromisos de cofinançament i mecanismes de cogobernanza, potenciant la transformació econòmica territorial.
El dia 8 de novembre de 2021, en la reunió del Consell de Política Científica, Tecnològica i d'Innovació, es van acordar els convenis marc corresponents a 2021, en les àrees d'interès: Biotecnologia en salut, Ciències marines, Comunicació quàntica i Energia i hidrogen renovable.
En 2022 es van signar els convenis corresponents a les àrees d'interès: Agroalimentació, Astrofísica i física d'altes energies, Materials avançats i Biodiversitat.
