Os Plans Complementarios son un novo instrumento dirixido a establecer colaboracións coas CCAA en accións de I+D+I que teñan obxectivos comúns baseados en intereses reflectidos na Estratexia de Especialización Intelixente (RIS3) estatal e autonómica. Trátase de crear sinerxias, aliñar a execución de fondos e establecer prioridades comúns.
Co propósito de construír sinerxias territoriais, os Plans Complementarios contemplan a participación de varias CCAA nun programa, coa posibilidade de participar en varios deles. Lógrase así o aproveitamento de capacidades e infraestruturas singulares, xunto con a posible participación de empresas. Os programas terán unha duración de 2 ou 3 anos, con compromisos de cofinanciamento e mecanismos de cogobernanza, potenciando a transformación económica territorial.
O día 8 de novembro de 2021, na reunión do Consello de Política Científica, Tecnolóxica e de Innovación, acordáronse os convenios marco correspondentes a 2021, nas áreas de interese: Biotecnoloxía en saúde, Ciencias mariñas, Comunicación cuántica e Enerxía e hidróxeno renovable.
En 2022 asináronse os convenios correspondentes ás áreas de interese: Agroalimentación, Astrofísica e física de altas enerxías, Materiais avanzados e Biodiversidade.