El Ministerio, bajo la superior dirección del titular del departamento, desarrolla las funciones que legalmente le corresponden.
El Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades se estructura en los siguientes órganos directivos:
- Ministra Ciencia, Innovación y Universidades.
- Secretaría de Estado de Ciencia, Innovación y Universidades, de la que dependen los siguientes órganos directivos:
- Subsecretaría de Ciencia e Innovación de la que depende la Secretaría General Técnica.
