El Ministeri, sota la superior direcció del titular del departament, desenvolupa les funcions que legalment li corresponen.
El Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats s'estructura en els següents òrgans directius:
- Ministra Ciència, Innovació i Universitats.
- Secretaria d'Estat de Ciència, Innovació i Universitats, de la qual depenen els següents òrgans directius:
- Subsecretaría de Ciencia e Innovación de la que depende la Secretaría General Técnica.
