O Ministerio, baixo a superior dirección do titular do departamento, desenvolve as funcións que legalmente lle corresponden.
O Ministerio de Ciencia, Innovación e Universidades estrutúrase nos seguintes órganos directivos:
- Ministra Ciencia, Innovación e Universidades.
- Secretaría de Estado de Ciencia, Innovación e Universidades, da que dependen os seguintes órganos directivos:
- Subsecretaría de Ciencia e Innovación de la que depende la Secretaría General Técnica.