La pluralitat d'actors públics i privats implicats en aquest PERTE va a requerir una interrelació especialment estrényer entre tots ells. D'aquí la necessitat de l'establiment d'una governança singular capaç de garantir una efectiva col·laboració entre el sector públic i privat, mitjançant l'engegada d'un model de col·laboració oberta basat en dos òrgans complementaris:
Governança Interministerial
Es crea un grup de treball interministerial, presidit per la Ministra de Ciència i Innovació, en el qual participaran representants d'aquells Ministeris implicats en la consecució d'aquest PERTE, amb la finalitat de garantir la necessària col·laboració i coordinació entre tots ells i canalitzar propostes de millora, recomanacions i observacions relatives a aquelles iniciatives que poden recolzar la gestió eficient del PERTE, sense menyscapte de les competències de gestió i aprovació que en cada cas ostenti la unitat responsable de cada actuació.
Aliança pel PERTE Aeroespacial
Aquesta Aliança es crea com un fòrum de discussió que facilitarà el diàleg, la participació i l'intercanvi d'idees entre el sector públic i privat.
Estarà presidida pel titular del Ministeri de Ciència i Innovació, i integrarà als membres de l'òrgan interministerial descrit, a les Comunitats Autònomes, Organismes Públics de Recerca (CSIC, IAC), així com als representants del sector més destacats: Associació Espanyola de Tecnologies de Defensa, Aeronàutica i Espai (TEDAE), Plataforma Tecnològica Aeroespacial Espanyola (PAE) i altres associacions empresarials i organitzacions sindicals amb rellevància en el sector.