La Secretaria General de Recerca exerceix funcions de direcció en matèria de ciència, innovació i universitats, així com l'impuls de la consecució d'objectius i l'execució dels projectes de la seva organització.
Son també funcions d'aquesta Secretaria General:
- Direcció de les competències atribuïdes al departament en matèria de ciència, innovació i universitats.
- La gestió dels premis nacionals en matèria de recerca.
- La gestió de programes operatius cofinançats per fons de la Unió Europea.
- La direcció estratègica de l'Agència Estatal Consell Superior de Recerques Científiques (CSIC), l'Organisme Autònom Institut de Salut Carles III (ISCIII), i l'Organisme Autònom Centre de Recerques Energètiques, Mediambientals i Tecnològiques (CIEMAT).
- El impulso de la participación española en los programas de fomento de la I+D+I promovidos por la Unión Europea.
- La planificació estratègica, coordinació, seguiment i representació de grans instal·lacions cientificotècniques nacionals amb Comunitats Autònomes i de caràcter estatal.
- La representació internacional de grans instal·lacions cientificotècniques espanyoles.
- El suport a la coordinació, promoció i seguiment de la recerca, desenvolupament i innovació polar.
- La coordinació dels organismes i entitats públiques vinculades o dependents de la Secretaria General de Recerca.
Aquesta Secretaria General es compon dels següents òrgans directius:
- La Subdirecció General de Consorcis, Organismes i Infraestructures Científiques Internacionals.
- La Subdirecció General de Grans Instal·lacions Cientificotècniques.
- La Subdirecció General d'Organismes i Entitats Públiques de Recerca.
S'adscriuen a aquesta Secretaria General:
- Consell Superior de Recerques Científiques (CSIC).
- Institut de Salut Carles III (ISCIII).
- Centre de Recerques Energètiques, Mediambientals i Tecnològiques (CIEMAT).
- Institut d'Astrofísica de Canàries.
Secretària general de Recerca:Sra. Eva Ortega-Paíno
