La Secretaria General de Investigació exercix funcions de direcció en matèria de ciència, innovació i universitats, així com l'impuls de la consecució d'objectius i l'execució dels projectes de la seua organització.
Són també funcions d'esta Secretaria General:
- Direcció de les competències atribuïdes al departament en matèria de ciència, innovació i universitats.
- La gestió dels premis nacionals en matèria d'investigació.
- La gestió de programes operatius cofinançats per fons de la Unió Europea.
- La direcció estratègica de l'Agència Estatal Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC), l'Organisme Autònom Institut de Salut Carlos III (ISCIII), i l'Organisme Autònom Centre d'Investigacions Energètiques, Mediambientals i Tecnològiques (CIEMAT).
- L'impuls de la participació espanyola en els programes de foment de la R+D+I promoguts per la Unió Europea.
- La planificació estratègica, coordinació, seguiment i representació de grans instal·lacions cientificotècniques nacionals amb Comunitats Autònomes i de caràcter estatal.
- La representació internacional de grans instal·lacions cientificotècniques espanyoles.
- El suport a la coordinació, promoció i seguiment de la investigació, desenvolupament i innovació polar.
- La coordinació dels organismes i entitats públiques vinculades o dependents de la Secretaria General d'Investigació.
Esta Secretaria General es compon dels següents òrgans directius:
- La Subdirecció General de Consorcis, Organismes i Infraestructures Científiques Internacionals.
- La Subdirecció General de Grans Instal·lacions Cientificotècniques.
- La Subdirecció General d'Organismes i Entitats Públiques d'Investigació.
S'adscriuen a esta Secretaria General:
- Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC).
- Institut de Salut Carlos III (ISCIII).
- Centre d'Investigacions Energètiques, Mediambientals i Tecnològiques (CIEMAT).
- Institut d'Astrofísica de Canàries.
Secretària general d'Investigació: Sra. Eva Ortega-Paíno.
