El Consell d'Universitats és l'òrgan de coordinació acadèmica, així com de cooperació, consulta i proposta en matèria universitària.
En l'article 1.5 f) del Reial decret 472/2024, de 7 de maig, pel qual es desenvolupa l'estructura orgànica bàsica del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats, se cita al Consell d'Universitats (CU) com a òrgan adscrit al Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats, a través de la Secretaria General d'Universitats, que exercirà les funcions que els atribueixi la Llei orgànica 2/2023, de 22 de març, del Sistema Universitari (LOSU). L'article 16 d'aquesta llei orgànica al·ludeix al Consell d'Universitats definint-lo com a òrgan de coordinació acadèmica del sistema universitari espanyol, així com de cooperació, consulta i proposta en matèria universitària.
El Consell d'Universitats serà presidit pel titular del Ministeri competent en matèria d'universitats i estarà compost pels Rectors de les universitats i cinc membres designats pel president del Consell.
A més, segons el seu reglament, la Conferència comptarà amb dos vicepresidents i un secretari.
El Consell d'Universitats es podrà reunir en:
- Ple
- Comissió Permanent
- Comissions d'Acreditació de professorat
- Comissió de Reclamacions d'Acreditació de professorat
- Comissió de Verificació i Acreditació de Plans d'Estudis
- Comissió de Reclamacions de Verificació i Acreditació de Plans d'Estudis.