L'Institut de Salut Carlos III (ISCIII) és un organisme de referència nacional i internacional en recerca biomèdica i salut pública que duu a terme les següents funcions:
- Foment de la recerca dirigida a protegir i millorar la salut, finançant la recerca d'excel·lència i altament competitiva a través de l'Acció Estratègica en Salut del Pla Estatal de R+D+I.
- Vertebració de la recerca en l'àmbit del Sistema Nacional de Salut (SNS), a través dels seus Centres de Referència Nacional, Instituts de Recerca, Fundacions, Xarxes, Consorcis i Plataformes de serveis cientificotècnics.
- Gestiona, desenvolupa i ofereix al conjunt de l'Estat serveis cientificotècnics de referència per a la prevenció i el control de malalties transmissibles i no transmissibles, salut ambiental, productes biològics i aquells potencialment perillosos per a la salut pública.
- Ofereix serveis d'assessorament cientificotècnic per fonamentar la presa de decisions en tecnologies sanitàries i serveis de salut en el SNS.
- Desenvolupa programes docents dirigits al conjunt del Sistema Nacional de Salut, i proporcionar serveis d'informació sanitària i documentació científica.
Està adscrit al Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats a través de la Secretaria General de Recerca. Depèn funcionalment del Ministeri de Sanitat per a la realització d'aquelles activitats que desenvolupi en matèria de salut, de planificació i assistència sanitària i, en coordinació amb el Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats, d'aquelles altres de recerca aplicada quan tinguin translació al SNS. Per a la realització de la resta d'activitats dependrà funcionalment del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats.