La Fundació CNIO té com a finalitat promoure la investigació oncològica, i la consegüent promoció dels avanços científic i sanitaris en esta àrea. Investiga els aspectes més bàsics del càncer, com els gens i processos cel·lulars implicats en el seu desenvolupament, i busca noves estratègies terapèutiques i fàrmacs. És un dels millors centres d'investigació en càncer a escala global, segons els rànquings elaborats per institucions independents.
Treballa amb oncólogos clínics i fa innovació, generant patents, col·laborant amb la indústria i creant empreses spin-off. També oferim servicis a altres científics, i recolze en el diagnòstic i pronòstic del càncer.