La Secretaría General de Innovación ejerce funciones de dirección en materia de ciencia, innovación y universidades, así como el impulso de la consecución de objetivos y la ejecución de los proyectos de su organización.
Son també funcions d'aquesta Secretaria General d'Innovació:
- La dirección de las competencias atribuidas al departamento en materia de innovación.
- La direcció estratègica de l'Entitat Pública Empresarial Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI) i la coordinació estratègica de l'Agència Estatal "Agència Espacial Espanyola".
- La gestión de programas operativos cofinanciados por fondos de la Unión Europea.
- La coordinación de actividades de promoción de ámbitos estratégicos en materia de innovación.
- La emisión de los informes motivados relativos al cumplimiento de requisitos científicos y tecnológicos a efectos de la aplicación e interpretación de deducciones fiscales por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica.
- La acreditación y gestión del registro de PYMES Innovadoras sobre bonificaciones en la cotización a la Seguridad Social del personal investigador.
- L'impuls a la compra pública d'innovació.
- La gestió d'actuacions relacionades amb la “Xarxa Innpulso – Xarxa de Ciutats de la Ciència i la Innovació”.
- L'impuls de programes conjunts amb Comunitats Autònomes i Entitats Locals en matèria d'innovació.
- Les relacions i coordinació amb altres unitats, òrgans i organismes de l'Administració General de l'Estat responsables de polítiques d'innovació i polítiques sectorials estretament relacionades amb aquestes.
- Les relacions, participació i representació del ministeri en organismes, programes i grups de treball en matèria d'innovació en sectors estratègics a nivell nacional i internacional.
- La coordinación, diseño, ejecución y evaluación de estrategias, programas e iniciativas en el ámbito de la innovación en políticas públicas.
- La coordinación de la contribución a las estrategias y planes nacionales en el ámbito de la innovación.
- El fomento del diseño como palanca de la innovación y como instrumento de transformación y modernización de la administración pública.
- La gestió de premis nacionals en matèria d'innovació i disseny.
- La coordinació de l'activitat del Grup de Treball Interministerial del PERTE Aeroespacial i de l'Aliança pel PERTE Aeroespacial.
- La coordinación e impulso del diseño, la ejecución y el seguimiento de iniciativas del PERTE Aeroespacial en el ámbito de la Administración General del Estado.
- La potenciació de la col·laboració amb altres Administracions Públiques i la col·laboració públic-privada per a l'òptima execució de les mesures del PERTE Aeroespacial.
- El foment d'estratègies, polítiques i mesures que promocionin el sector aeroespacial espanyol.
- La coordinació de les ajudes d'Estat, en l'àmbit de les seves competències, amb l'Agència Estatal de Recerca i el la Entitat Pública Empresarial Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI).
Aquesta Secretaria General es compon dels següents òrgans directius:
- La Subdirecció General de Foment de la Innovació.
- La Subdirecció General de Polítiques d'Innovació.
- La Subdirecció General de Política i Estratègia Aeroespacial.
S'adscriuen a aquesta Secretaria General:
- Agència Estatal “Agència Espacial Espanyola” (AEE).
- Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI).
Secretària general: Sra. Teresa Riesgo Alcaide.