La Secretaria General d'Innovació exercix funcions de direcció en matèria de ciència, innovació i universitats, així com l'impuls de la consecució d'objectius i l'execució dels projectes de la seua organització.
Són també funcions d'esta Secretaria General d'Innovació:
- La direcció de les competències atribuïdes al departament en matèria d'innovació.
- La direcció estratègica de l'Entitat Pública Empresarial Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI) i la coordinació estratègica de l'Agència Estatal "Agència Espacial Espanyola".
- La gestió de programes operatius cofinançats per fons de la Unió Europea.
- La coordinació d'activitats de promoció d'àmbits estratègics en matèria d'innovació.
- L'emissió dels informes motivats relatius al compliment de requisits científics i tecnològics a l'efecte de l'aplicació i interpretació de deduccions fiscals per activitats d'investigació i desenvolupament i innovació tecnològica.
- L'acreditació i gestió del registre de PIMES Innovadores sobre bonificacions en la cotització a la Seguretat Social del personal investigador.
- L'impuls a la compra pública d'innovació.
- La gestió d'actuacions relacionades amb la “Xarxa Innpulso – Xarxa de Ciutats de la Ciència i la Innovació”.
- L'impuls de programes conjunts amb Comunitats Autònomes i Entitats Locals en matèria d'innovació.
- Les relacions i coordinació amb altres unitats, òrgans i organismes de l'Administració General de l'Estat responsables de polítiques d'innovació i polítiques sectorials estretament relacionades amb estes.
- Les relacions, participació i representació del ministeri en organismes, programes i grups de treball en matèria d'innovació en sectors estratègics a nivell nacional i internacional.
- La coordinació, disseny, execució i avaluació d'estratègies, programes i iniciatives en l'àmbit de la innovació en polítiques públiques.
- La coordinació de la contribució a les estratègies i plans nacionals en l'àmbit de la innovació.
- El foment del disseny com a palanca de la innovació i com a instrument de transformació i modernització de l'administració pública.
- La gestió de premis nacionals en matèria d'innovació i disseny.
- La coordinació de l'activitat del Grup de Treball Interministerial del PERTE Aeroespacial i de l'Aliança pel PERTE Aeroespacial.
- La coordinació i impuls del disseny, l'execució i el seguiment d'iniciatives del PERTE Aeroespacial en l'àmbit de l'Administració General de l'Estat.
- La potenciació de la col·laboració amb altres Administracions Públiques i la col·laboració públic-privada per a l'òptima execució de les mesures del PERTE Aeroespacial.
- El foment d'estratègies, polítiques i mesures que promocionen el sector aeroespacial espanyol.
- La coordinació de les ajudes d'Estat, en l'àmbit de les seues competències, amb l'Agència Estatal d'Investigació i el la Entitat Pública Empresarial Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI).
Esta Secretaria General es compon dels següents òrgans directius:
- La Subdirecció General de Foment de la Innovació.
- La Subdirecció General de Polítiques d'Innovació.
- La Subdirecció General de Política i Estratègia Aeroespacial.
S'adscriuen a esta Secretaria General:
- Agència Estatal “Agència Espacial Espanyola” (AEE).
- Centre per al Desenvolupament Tecnològic i la Innovació (CDTI).
Secretària general: Sra. Teresa Riesgo Alcaide
