L'Institut de Salut Carlos III (ISCIII) és un organisme de referència nacional i internacional en investigació biomèdica i salut pública que duu a terme les següents funcions:
- Foment de la investigació dirigida a protegir i millorar la salut, finançant la investigació d'excel·lència i altament competitiva a través de l'Acció Estratègica en Salut del Pla Estatal de R+D+I.
- Vertebració de la investigació en l'àmbit del Sistema Nacional de Salut (SNS), a través dels seus Centres de Referència Nacional, Instituts d'Investigació, Fundacions, Xarxes, Consorcis i Plataformes de servicis cientificotècnics.
- Gestiona, desenvolupa i oferix al conjunt de l'Estat servicis cientificotècnics de referència per a la prevenció i el control de malalties transmissibles i no transmissibles, salut ambiental, productes biològics i aquells potencialment perillosos per a la salut pública.
- Oferix servicis d'assessorament cientificotècnic per a fonamentar la presa de decisions en tecnologies sanitàries i servicis de salut en el SNS.
- Desenvolupa programes docents dirigits al conjunt del Sistema Nacional de Salut, i proporcionar servicis d'informació sanitària i documentació científica.
Està adscrit al Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats a través de la Secretaria General d'Investigació. Depèn funcionalment del Ministeri de Sanitat per a la realització d'aquelles activitats que desenvolupe en matèria de salut, de planificació i assistència sanitària i, en coordinació amb el Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats, d'aquelles altres d'investigació aplicada quan tinguen translació al SNS. Per a la realització de la resta d'activitats dependrà funcionalment del Ministeri de Ciència, Innovació i Universitats.